第1问：
1-1. 不妥之处：总监理工程师直接致函设计单位。
理由：总监理工程师无权进行设计变更。发现问题应向建设单位报告，由建设单位向设计单位提出变更要求。
1-2. 不妥之处：设计单位研究后，口头同意了总监理工程师的更改方案，总监理工程师随即将更改的内容写成监理指令通知甲施工单位执行。
理由：总监理工程师不得将“口头同意”的设计变更内容写成监理指令通知施工单位执行。
设计单位应当形成书面文件、设计图纸交由建设单位，监理机构根据建设单位认可的设计变更文件签发指令。
第2问：
2-1. 甲施工单位的答复不妥。理由：总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任。
2-1. 总监理工程师签发的整改通知不妥。理由：整改通知单应签发给甲施工单位，因乙施工单位和建设单位没有合同关系。
第3问：
本次暂停施工程序不正确。理由：专业监理工程师无权签发《工程暂停令》，应由专业监理工程师报告总监理工程师，由总监理工程师签发工程暂停令。
第4问：
不正确。理由：乙施工单位与建设单位没有合同关系（或甲、乙施工单位有合同关系），乙施工单位的损失应由甲施工单位承担。
第5问：
不正确。理由：因监理工程师是在合同授权内履行职责，施工单位所受的损失不应由监理单位承担。
