1.施工单位在施工阶段的不妥做法及理由如下：
不妥之处一：未按已批准的施工技术方案施工且不报告。
理由：施工单位应执行已批准的施工技术方案，对施工技术方案改变时，应经项目监理机构审查签认。
不妥之处二：采用的新技术未经项目监理机构审定。
理由：施工单位采用新材料、新工艺、新技术、新设备时应经项目监理机构审定后才能采用。
不妥之处三：不执行总监理工程师下达的工程暂停令。
理由：依据施工合同条款，施工单位应当执行总监理工程师的指令。
不妥之处四：向项目监理机构提出索赔。
理由：工程暂停施工的原因是施工中存在严重的安全隐患，总监理工程师依据法规有权下达工程暂停令，便于消除安全隐患。
2.建设单位的做法不妥之处如下：
不妥之处一：认为项目监理机构下达工程暂停令致使工程延期，要求监理单位对此事承担相应责任。
不妥之处二：未及时组织竣工验收。
不妥之处三：要求施工单位对门窗玻璃进行无偿修复。
3.项目监理机构还应做的工作如下：
①要求施工单位报送新技术的施工工艺措施和证明材料。
②组织专题论证。
③经专题论证可行，由总监理工程师签认后执行。
④经专题论证不可行，要求仍按原批准的施工技术方案执行。
4.（1）施工单位不同意无偿修复是正确的。
理由：按合同约定建设单位已认可施工单位的竣工验收报告，故由建设单位承担起工程管理的责任，门窗玻璃的损坏是在建设单位的保管期内，属于建设单位的责任。
（2）工程修复时监理工程师的主要工作内容如下：
①在门窗玻璃修复中进行检查验收，合格后予以签认。
②核实修复工程的费用和签署工程款支付证书，并报建设单位。
