甲公司研发部门的绩效管理存在的问题主要有：
(1)考核指标和标准缺乏科学性，即研发人员的考核不应以其创收情况为主。
(2)主管和被考评者平时缺乏有效的沟通。主管对被考评者缺乏有效的绩效指导和绩效反馈。绩效管理是一个互动的过程，在这个过程中主管需要与下属有效沟通，及时对下属的工作进行必要的指导，帮助下属解决工作中遇到的困难和问题。
(3)考核周期不合理。研发工作需要较长的周期，研发人员不应实行季度考评，对创收这种长期性的指标更不能以季度为周期进行衡量。对研发这种创造性的活动，可按产品开发时间规律进行考评。
(4)对考评结果的处理不合理。研发人员工作性质具有长期性，而每年进行排序，辞退员工是不合理的，容易引起研发人员的短期行为。
