非国有博物馆门类丰富，特色鲜明，已成为我国博物馆体系的重要组成部分和保护中华历史文化遗产的重要力量。但是，在发展过程中，不少非国有博物馆出现了艰难维持或难以为继的尴尬生存状况。
其表层问题主要有：管理不规范、基础工作薄弱、人才匮乏、违法买卖出土文物、重建馆轻运营等。深层次问题是：现阶段的非国有博物馆基本上仍处于个人、家庭、企业“收藏展示馆”阶段，创办者的私人财产权与博物馆的法人财产权混淆不清，不符合国际公认的博物馆的定义和性质。
为推动非国有博物馆可持续健康发展，不能仅靠财政投入，而是要靠思想观念的转变、管理制度的改进和配套政策的完善等多方面共同推进。
首先，转变思想观念，完善运行机制。完善法人治理结构，建立健全理事会等组织管理制度。加强非国有博物馆行业组织建设，通过馆际交流等形式，实现资源共享、优势互补、合作共赢。
其次，改进管理制度，规范藏品管理。强化非国有博物馆藏品管理基础性工作，规范藏品尤其是文物藏品的保护、利用和管理。严格依法执行博物馆运行及终止时的藏品处置程序。
最后，完善配套政策，落实税费减免等优惠政策。非国有博物馆举办文化活动的门票收入，开展文化传播公益性活动产生的非营利性收入，依法享受税收免征或优惠。鼓励企业、事业单位、社会团体及个人向非国有博物馆提供捐赠或以其他形式提供资助，捐赠人依法享受税收优惠。
