社会研究所面临的主要困难包括五个方面：
（1）人的特殊性
人是一种有思想、有感情、有动机、对社会研究的活动有反应的研究对象。他们有自我意识，也有主观意志。因此，他们可能会不与研究者合作，他们也可以为了个人的利益或其他原因而采取出人意料的行为。也正因为人的这种特殊性，使得社会研究中对各种社会现象、各种社会行为的解释和预测，就常常达不到自然科学中所能达到的那样高的准确程度。例如，管理学中的“霍桑效应”是人的这种主观意识的最好说明。
（2）研究的干扰性
对人们的社会行为进行研究，这种行为本身就有可能改变它所研究的行为。无论是采取观察的方法，还是采取调查的方法、实验的方法，都在不同程度上存在这种干扰和影响。
假设我们希望研究城市居民闲暇时间在家庭中的生活内容及其方式。当采用观察的方法进行这项研究时（即当观察员进入到所观察的居民家庭时），这些普通居民家庭的实际的闲暇生活方式肯定会被观察者的出现和参与所干扰。观察员所“看到”的，实际上是受到观察者出现的影响后的状况。如果当时没有观察者的出现，实际状况可能会是另一种样子。
（3）社会现象的复杂性
研究对象的复杂化，使得研究所涉及的相关因素更多。社会生活中人们的不同行为既会受到个人特定的生理因素、心理因素的影响和制约，还会受到他所生存的社会环境、他所具有的社会关系以及他所形成的社会互动的影响和制约。因此，社会研究者通常比自然科学研究者要面临更多、更复杂的变量，他们往往也更难分清现象的原因和结果。
例如，集群行为的出现，既可能与当时人们的个人生理、心理因素有关，还可能与个人所处的环境场所、个人的社会关系情况等有关，因此导致集群行为出现的原因是非常复杂的。
（4）研究受到特定的制约
社会研究除了会受到与自然科学研究相同的各种自然条件的限制以外，有时还会受到伦理的、政治的因素的限制。社会研究者必须十分谨慎地在自己的研究与人们的尊严、权利、利益之间，在自己的研究与社会的伦理、道德、法律、规范之间，划开明确的界限。
例如，社会研究者不能为了探讨“家长的放任自流对青少年犯罪的影响”，而要求家长们不去管教自己的孩子；他也不能采取让夫妇离婚的方式，来研究单亲家庭对儿童个性的影响。
（5）保持客观性的困难
社会学家本人也是他所研究的对象的一部分。因此，社会研究者在研究过程中要像自然科学家那样保持一种客观的、超然的态度，就要困难得多。所研究对象的状况、处境、经历，以及行为、态度、价值取向，常常在社会研究者的心中产生某种“共鸣”或“印象”。而研究者主观上的这种情感体验，往往又会在不知不觉中影响到他对资料的反应和对研究结果的解释。
例如，对性工作者从业原因的研究中，研究者很可能由于对性工作者的不认同感而在研究的过程中出现价值偏向的问题。
