督导实务中的伦理困境有：
（1）机构目标与专业目标冲突的伦理困境
社会工作督导作为社工机构的雇佣人员，要以机构的发展目标为主要努力方向，在工作中围绕机构的目标展开计划、培训、实务指导、评估等工作。社会工作服务机构使命与愿景各有差异，机构理事会对机构的期待及对专业的发展规划有所不同。社会工作督导多数为接受过专业学习的或系统训练，他们严格遵守专业价值观及伦理守则，践行专业理念，以社工的成长为目标，在机构内部开展督导实务服务。当现实中机构的目标与专业的目标不一致时，督导便陷入了“目标选择”的伦理困境。督导作为机构的员工之一，本应为机构的发展考虑，尽自己最大的努力提高绩效，达成机构在经济、社会形象、效益、发展等方面的目标。而作为专业精英人才，他们的选择关系着专业乃至行业的发展与进步，专业的使命感让他们不得不为专业目标努力。
（2）对机构忠诚与个人选择冲突的伦理困境
社会工作伦理守则指出，对于机构，社工应遵守对社工机构做出的承诺。对机构忠诚意味着督导从内心对机构的认知、认可，并愿意为其持续服务。在社会发展治理的大背景下，一方面，政府不断出台人才引进、岗位开发等优惠条件，鼓励精英社工进入政府部门，另一方面，由于社工发展起步晚、发展速度快，导致专业人才缺口巨大，而高级专业人才则更加稀缺。社工督导多数因有着丰富的经验和较高的专业资历优势经常会面临较多的诱惑，如考取公务员、高薪跳槽、开办机构等。当个人的发展选择与机构的发展路径不同步时，社工督导就会陷入“对谁忠诚”的伦理困境。
（3）专业责任与工作责任冲突的伦理困境
社会工作对专业有专业的正直、社区服务、发展专业知识等伦理价值，它要求无论是社工还是社会工作督导都要对专业负责，提高专业技术水平和专业服务质量，促进专业的发展与创新。而在现实实践中，社工督导作为机构一员或是某项工作的负责人，通常会面临来自不同方面的工作压力，如经济成本、时间成本、关系成本、工作效率、人力成本等，若督导一味强调专业则意味着要面临工作任务完不成、执行效率低、成本高、绩效差等风险，而这不仅会关系到督导个人的绩效考核，也会影响所督导社工的收入或职业发展。当对专业的责任与对工作的责任相矛盾是，督导便陷入了“责任选择”的困境。
（4）行政角色与专业角色冲突的伦理困境
在人才紧缺的现实环境下，社工机构内部督导多数会担任机构的管理者，肩负一部分行政职能，特别是在规模较小或有生存困难的社工机构，通常会选择人力成本最低及效能最优的取向。然后行政管理者的角色与专业督导的角色有着明显的不同之处。行政角色倾向于用行政手段来解决实际工作中遇到的问题，以效率和目标为导向，较少关注社工的个人情感支持，且与督导行政功能中所强调的“应为被督导者提供更多的资源，做其利益的代言人，是被督导者与机构管理层之间桥梁”不同。专业督导角色倾向于运用专业方法和技巧，通过与社工建立专业关系，引导社工的思考和行动，陪伴社工在知识、技巧、能力、经验方面的成长和进步。两种角色的不同性质和不同目的集中在同一个人身上，必然会导致冲突，而面临冲突社会工作督导究竟该如何选择，以效率为先还是成长为先，如何在过程中进行不同场景的角色切换？这些都让督导陷入了“角色冲突”的伦理困境。
（5）机构利益、社工利益、督导利益冲突的伦理困境
社工工作的督导过程涉及机构、社工及督导个人的利益，在以专业为本的相关方分析时会发现，三者之间存在着利益冲突。社工机构关注的利益点在于机构的生存、发展、壮大，因此机构理事会所做的决策会以机构的整体利益为导向，如工资及绩效的设定、激励制度的制定、员工工作规范及专业要求等等；社工作为个体，关注的利益点在于个人的实际收入和个人在组织内可获得的资源、晋升机会、专业成长及职业生涯规划等；社会工作督导关注的利益点在于专业的发展与进步，如服务的创新、流程的优化、品牌的建设等等。
社会工作督导作为机构的缓冲器，既要聚焦于个人成长，又要考虑团队的整体性发展，同时要对专业进步负责，微观、中观、宏观的利益兼而有之，加之个人利益。而几方利益不兼容的情况时长发生，如一线社工基于经济问题申请加薪，而机构考虑成本问题没有同意，社工选择不日离职且让督导保密，社工所在岗位属于专业的核心岗位……此时，督导便陷入了“利益选择”的伦理困境。
