（1）甲企业合伙协议约定的利润分配方式合法。
根据合伙企业法律制度的规定，有限合伙企业不得将全部利润分配给部分合伙人；但是，合伙协议另有约定的除外。因此，法律允许合伙人之间通过合伙协议约定将有限合伙企业的利润全部分配给部分合伙人。
（2）王某设立乙公司的行为合法。
有限合伙人可以自营或者同他人合作经营与本有限合伙企业相竞争的业务；但是，合伙协议另有约定的除外。甲企业的合伙协议对于此项合伙人的权利和义务没有特别约定，王某设立乙公司的行为合法。
（3）李某拒绝林某的理由不合法。
有限合伙人参与选择承办有限合伙企业审计业务的会计师事务所的，不视为执行合伙事务，因此林某有权参与。
