1.甲公司主要从事空调销售业务，并非烟草企业或者化妆品制造或销售、医药制造、饮料制造企业，广告费和业务宣传费的扣除限额=2000×15%=300（万元）；实际发生额400万元超过税法规定的扣除限额，应当按限额扣除；因此，甲公司在计算2016年企业所得税应纳税所得额时准予扣除的广告费和业务宣传费为300万元。
2.甲公司从乙有限责任公司分得的股息不应计入应纳税所得额。根据规定，居民企业从未上市的居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益，免征企业所得税，不计入企业所得税应纳税所得额。
3.甲公司代收的政府性基金应计入应纳税所得额。根据规定，对企业依照法律、法规及国务院有关规定收取并上缴财政的政府性基金和行政事业性收费，准予作为不征税收入，于上缴财政的当年在计算应纳税所得额时从收入总额中减除；未上缴财政的部分，不得从收入总额中减除。
