问题1：
事件1中，总监理工程师和发包人的做法有以下两处不妥：
（1）项目监理单位收到施工单位提交的工程变更申请后，总监理工程师指令乙施工单位暂停施工不妥。
（2）总监理工程师向发包人报告施工单位申请工程变更事宜后，发包人随即要求总监理工程师修改施工图并签署变更文件不妥。
项目监理单位收到甲施工单位提交的工程变更申请后，正确的处理程序如下：①总监理工程师报发包人；②发包人联系设计单位；③设计单位修改施工图并签署设计变更文件；④发包人收到设计变更文件后转交项目监理单位；⑤总监理工程师向甲施工单位发出工程变更单。
问题2：
事件2中，总监理工程师向甲施工单位发出整改通知是正确的，因为甲施工单位是总包单位，发包人与甲施工单位之间存在合同关系；总监理工程师向乙施工单位发出整改通知是不正确的，因为乙施工单位是分包单位，发包人与乙施工单位之间无合同关系。
工程施工存在质量、安全事故隐患，总监理工程师发出整改通知后，施工单位既不整改也未回函答复，属于施工单位拒不执行监理单位的指示。根据施工合同约定由总监理工程师应签发《暂停施工指示》。
