(1)(1)该公司计算的土地增值税不正确。
(2)有以下几处错误:
①企业对外销售了总建筑面积的1/2,因此扣除的取得土地使用权支付的金额、房地产开发成本和房地产开发费用,只能扣除全部的1/2,即只能扣除转让的建筑面积所对应的部分。而该公司多扣了取得土地使用权支付的金额、房地产开发成本和房地产开发费用。
②出租办公楼取得的租金收入对应缴纳的相关税费不得作为土地增值税的扣除项目金额,该公司却作为扣除项目金额扣除了。
③转让办公楼缴纳的印花税可以扣除,该单位却未作扣除项目金额扣除。
④非房地产开发单位不能加扣20%的扣除,该公司却作为扣除项目金额扣除了。
(3)①扣除项目金额=2000×1/2+3000×1/2+(2000×1/2+3000×1/2)×10%+550+10000×0.5‰=3305(万元)
②增值额=10000-3305=6695(万元)
③增值额与扣除项目金额的比率=6695/3305=202.57%
④应纳的土地增值税额=6695×60%-3305×35%=2860.25(万元)