（1）市税务局应该受理甲加工企业的行政复议申请。因为该复议申请符合受理的条件：
①该复议属于市税务局的管辖范围。纳税人对各级税务局的稽查局的具体行政行为不服的，向其所属税务局申请行政复议；
②属于税务行政复议的受案范围。甲企业对税务机关作出的征税行为提出行政复议，属于受案范围；
③在规定的期限内提出的申请。甲企业4月20日收到税务处理决定书，5月20日缴纳税款，5月21日申请行政复议，即在规定的期限60日内提出的申请；
④有明确的申请人和符合规定的被申请人等都是符合条件的，所以市税务局应该受理甲加工企业的行政复议申请。
（2）甲企业可以就不予受理行为向法院提起诉讼。因为对应当先向行政复议机关申请行政复议，行政复议机关决定不予受理的，申请人可以自收到不予受理决定书之日起15日内，向人民法院提起行政诉讼。
