(1)奶中存在的微生物。一般情况下，刚挤出的奶中存在的微生物可能有细球菌、八联球菌、萤光杆菌、酵母菌和霉菌；如果卫生条件不好，还会有枯草杆菌、链球菌、大肠杆菌、产气杆菌等。这些微生物主要来源于乳房、空气和水。刚挤的奶中含有溶菌酶，有助于抑菌，因此，刚挤出的奶中微生物的数量不是逐渐增多，而是逐渐减少。生奶的抑菌作用保持时问与细菌数量和放置温度有关，若奶中细菌数量少，放置环境温度低，抑菌作用保持时间就长，反之就短。一般生奶的抑菌在0℃可保持48h，因此，奶挤出以后应及时冷却，否则微生物就会大量繁殖，以致使奶腐败变质。
(2)致病菌对奶的污染。按致病菌的来源可分为两大类：
①挤奶前的感染。主要是动物本身的致病菌，通过乳腺进入奶中。常见的致病菌有牛型结核杆菌、布氏杆菌、口蹄疫病毒、炭疽杆菌和能引起牛乳房炎的葡萄球菌、放线菌等，均能引起人畜共患疾病。
②挤奶后的污染。包括挤奶时和奶挤出后至食用前的各个环节里可能受到的污染。致病菌主要来源于带菌的手、挤奶用具、容器、空气和水，以及畜体表面。致病菌有伤寒杆菌、副伤寒杆菌、痢疾杆菌、白喉杆菌及溶血性链球菌等。
(3)奶及奶制品的有毒有害物质的残留。病牛应用抗生素、饲料中霉菌的有毒代谢产物、残留农药及重金属和放射性核素等对奶的污染也应引起足够的重视。
(4)掺伪。在牛奶中除掺水以外，还有许多其他掺人物。
①电解质类。盐、明矾、石灰水等。
②非电解质类。在水中不发生电离，以真溶液形式存在于水中的小分子物质，如尿素。掺水或腐败后乳糖含量下降，而掺蔗糖。
③胶体物质。一般为大分子液体，以胶体溶液、乳浊液形式存在，如米汤、豆浆。
④防腐剂。如甲醛、硼酸、苯甲酸、水杨酸等，也有少数人掺人青霉素等抗生素。
⑤其他杂质。掺水后为保持牛奶表面活性低的性质而掺入洗衣粉。还有掺入白广告色、白硅粉、白陶土的。更严重的是掺入污水和病牛奶。
