（1）公司章程关于利润分配的规定符合法律规定。根据规定，公司弥补亏损和提取公积金后所余税后利润，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。本题中，公司章程中可以规定不按照持股比例分配。
（2）人民法院不能直接认定股东蔡某未履行出资义务。根据规定，出资人以房屋、土地使用权或者需要办理权属登记的知识产权等财产出资，已经交付公司使用但未办理权属变更手续的，当公司、其他股东或者公司债权人主张认定出资人未履行出资义务的，人民法院应当责令当事人在指定的合理期间内办理权属变更手续；在前述期间办理了权属变更手续的，人民法院应当认定其已经履行了出资义务。本题中，人民法院应当先责令蔡某在指定的合理期间内办理权属变更手续，不能直接认定其未履行出资义务。
（3）万某不符合独立董事的任职资格。根据规定，现在或最近1年内曾在上市公司或者其附属企业任职的人员及其直系亲属、主要社会关系（直系亲属是指配偶、父母、子女等；主要社会关系是指兄弟姐妹、配偶的父母、子女的配偶、兄弟姐妹的配偶、配偶的兄弟姐妹等）不得担任独立董事。
（4）公司有权拒绝股东王某的回购请求。根据规定，股份有限公司异议股东股份回购请求权只限于对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议的情形。本题中，增加注册资本不属于异议股东请求回购股份的情形，公司有权拒绝股东王某的回购请求。
（5）王某将其所持有的股份全部转让给薛某不符合规定。根据规定，公司公开发行股份前已经发行的股份，自公司股票在证券交易所上市交易之日起1年内不得转让；因司法强制执行、继承、遗赠、依法分割财产等导致股份变动的除外。本题中，王某转让所持股份的时间距公司股票在证券交易所上市交易不足1年。
