1．答案：投标人对招标文件内容提出的异议及理由和招标人答复异议的要求如下：
（1）可对“将混凝土钻孔灌注桩工程分包给××基础工程公司”提出异议。理由：招标人不得指定分包商。
（2）可对“优于投标方案的备选投标方案可确定为中标方案”提出异议。理由：投标人在提交符合招标文件规定要求的投标文件外，可以提交备选投标方案，只有中标人所递交的备选投标方案方可予以考虑。
（3）招标人应当自收到异议之日起3日内做出答复；做出答复前，应当暂停招标投标活动。
2．答案：对招标过程中发生的事件分析：
（1）事件一妥当。
（2）事件二不妥当。评标委员会应该按照招标文件第三章评标办法中规定的方法、评审因素、标准和程序对投标文件进行评审。第三章评标办法中没有规定的方法、评审因素和标准，不作为评标依据。
（3）事件三不妥当。评标委员会不应向施工单位发出要求澄清的通知，也不能认可工期修改；工期超期属于重大偏差，没有对招标文件做出实质性的响应，评标委员会不能通过投标文件澄清使其满足招标文件要求，该投标文件应该按废标处理。
（4）事件四对投标人C的投标文件中算术错误的处理不妥当，单价与合价不一致时应以单价为准，应按关键项目的单价和工程量乘积修正其合计及其相应投标总报价，并向投标人C发出澄清通知要求其确认。
（5）事件五“招标人在与投标人E签署施工承包合同之前，要求投标人E按最低投标价签订合同”不妥当。招标投标法规定招标人与中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
（6）事件六“招标人将投标保证金退还给投标人E”不妥当，由于招标人的原因不能签订合同，招标人向中标人退还投标保证金，并按投标保证金双倍的金额补偿投标人损失。
3．答案：该事件中招标人于投标截止时间15日之前以书面形式向所有投标单位发出澄清文件是妥当的，但不能注明问题来源，因为一旦注明问题来源就意味着向他人透露了已获取招标文件的潜在投标人的名称。
根据《中华人民共和国招标投标法》第五十二条规定，依法必须进行招标的项目，招标人向他人透露已获取招标文件的潜在投标人的名称、数量或者可能影响公平竞争的有关招标投标的其他情况的，或者泄露标底的，给予警告，可以处一万元以上十万元以下的罚款；对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
