1．该项目采取的招标方式妥当。
理由：因为工程技术特别复杂，对施工单位的施工设备及同类工程的施工经验要求较高，潜在的投标企业相对较少，而且又经省有关部门批准。符合《工程建设项目施工招标投标办法》的规定。采用公开招标会花费大而效果差。采用邀请招标比较有针对性，比较经济，效果也相对较好。所以采取邀请招标方式。
2．B企业的投标文件应按废标处理。
理由：无法定代表人签字和授权委托书。
C企业的投标文件应不予处理。
理由：C企业的投标文件未按招标文件要求的提交投标文件的时间提交。
D企业的投标文件应进行修正处理。
理由：投标报价的大写金额与小写金额不一致，以大写为准。不可作为废标处理。
E企业的投标文件应按有效标书处理。
理由：对某分项工程报价有漏项情况不影响标书的有效性。
3．评标委员会人员组成的不妥之处：
(1)评标委员会人员组成不应包括当地招标监督办公室和公证处人员。
(2)评标委员会的技术、经济专家人数少于成员总数的三分之二。
4．招标人与中标企业6月12日签订合同不妥当。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》的规定，招标人与中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。
